Um dem kyburgischen Aarau eine Grenze zu setzen, gründeten die Grafen von Habsburg-Laufenburg im 13. Jahrhundert Burg und Stadt Biberstein. Einkünfte brachten die auf der Aare erhobenen Zölle, welche die passierenden Schiffe und Flössen zu verrichten hatten. Zwischen den beiden Aareufern verkehrte eine Fähre, die erst zu Beginn des Zweiten Weltkrieges durch eine Brücke abgelöst wurde.
1335 wurden die Johanniter von Klingnau neue Herren in Biberstein. 1527 setzten die Berner einen Vogt aufs Schloss und zwangen die Johanniter 1535 zum Verkauf. Beim Untergang des alten Bern im Revolutionsjahr 1798 verliert Biberstein seine Stellung als Amtssitz und wird zum Distrikt Aarau des neuen Kantons Aargau geschlagen. Das Städtchen war schon im ausgehenden Mittelalter zum Dorf resp. "Flecken" abgesunken. In der Vergangenheit verdienten viele Bibersteiner ihr Brot als Flösser, Fischer, Schiffer und Fährleute. Bis gegen Ende des 19. Jahrhunderts war jedoch der Weinbau der Haupterwerb. Bevor der Mehltau und die Importe den einheimischen Weinbau zugrunde richteten, waren in Biberstein um die zwanzig Hektaren bestockt. Erst in den letzten Jahren hielt der Rebbau wieder Einzug.
Biberstein zählt heute knapp 2'000 Einwohner. Im Dorf selber wurde bewusst keine Industrie angesiedelt. Nur eine Handvoll kleiner Gewerbebetriebe und Handwerker ist bis heute erhalten geblieben. Grösster Arbeitgeber ist die Stiftung Schloss Biberstein, eine Wohn-, Arbeits- und Ausbildungsstätte für geistig und mehrfach beeinträchtigte erwachsene Menschen. Sie betreibt ebenfalls den Dorfladen. In der dorfeigenen Schule besuchen die Schüler alle Stufen vom Kindergarten bis zur 6. Klasse. Für die Real- und Sekundarschüler ist Küttigen, für die Bezirks- und Mittelschüler Aarau der Schulort. Drei Ortsparteien helfen mit, die politische Verantwortung in der Gemeinde zu tragen.
Eingebettet zwischen Aare und Jura hat die Gemeinde für naturverbundene Einwohner viel zu bieten. Das Schwimmbad ist das erste öffentliche Biobad der Schweiz. Die Gemeinde versorgt sich selber mit qualitativ sehr gutem Trinkwasser aus einer Juraquelle. Der Strom wird von der Stadt Aarau bezogen. Viele Aufgaben werden heute innerhalb eines Gemeindeverbandes, zusammen mit umliegenden Gemeinden gelöst. Biberstein kann heute als wohnliche Gemeinde in ländlicher Umgebung beschrieben werden, wo die Dorfgeschichte mit Schloss und intaktem Dorfkern sichtbar ist.