Das Gemeindegebiet von Eppenberg-Wöschnau war schon früh besiedelt. Auf dem Buechholz, das auf drei Seiten steil abfällt und damit natürlich geschützt war, befand sich während der La-Tène-Zeit eines der grössten keltischen Refugien Europas. Es bedeckte eine Fläche von rund 12 Hektaren und war gegen Süden durch ein Wallsystem und einen Graben geschützt. Da nur sehr wenige Funde auf dem Gebiet gemacht wurden, war die Fluchburg vermutlich nur während kurzer Zeit benützt worden. Die erste urkundliche Erwähnung von Eppenberg erfolgte 1294 bereits unter dem heutigen Namen. Der Ortsname geht auf den althochdeutschen Personennamen Eppo zurück und bedeutet somit Berg des Eppo.
Im Mittelalter waren Eppenberg und Wöschnau Teil des Werderamtes im Buchsgau, der unter der Oberhoheit der Grafen von Frohburg stand. Die niedere Gerichtsbarkeit über die Dörfer hatte das Stift Schönenwerd inne. Später gehörten die beiden Orte zur Herrschaft Gösgen, die 1458 von Solothurn käuflich erworben wurde. Eppenberg und Wöschnau waren fortan der Vogtei Gösgen und dem Gerichtskreis Schönenwerd zugeteilt.
Nach dem Zusammenbruch des Ancien Régime (1798) gehörten Eppenberg und Wöschnau während der Helvetik zum Verwaltungsbezirk Solothurn und ab 1803 zum Bezirk Olten. Seit dieser Zeit bilden sie eine eigenständige Doppelgemeinde. Die Gemeinde besitzt keine eigene Kirche; sie gehört zur Kirchgemeinde Schönenwerd.
Heute zählt Eppenberg-Wöschnau rund 334 Einwohner. Nebst den beiden Ortsteilen Eppenberg und Wöschnau gehört auch eine Gewerbesiedlung im "Schachen" zur Gemeinde. Die Steilen Felswände um den Fliehwall auf dem Eppenberg werden heute als Klettergarten genutzt und sind für alle Kletterbegeisterten frei zugänglich.