Der Name „Muhen” hat seinen Ursprung entweder in Mucheim (Wohnort des Muocho) oder in muk (Wohnort am Sumpf). 1045 erscheint das Dorf erstmals in einem Dokument des Kaisers Heinrich I unter dem Namen Mucheim. Ab 1579 tritt der Name „Muhen” auf – jedoch noch mit der Aussprache „Muchen”. Wie viele Nachbargemeinden war Muhen während langer Zeit eine Kornkammer für die jeweiligen Gebiet beherrschenden Herren, sei es für Römer (es sind mehrere römische Niederlassungen auf dem Gemeindebann bekannt) oder im Anschluss für alemannische, fränkische, kyburgische und habsburgische Herren im Mittelalter.
Lange ist Muhen ein reines Bauerndorf geblieben. Erst im 19. und 20. Jahrhundert sind die Teildörfer Untermuhen, Mittelmuhen und Obermuhen aus ihren Tälern herausgetreten, weil zahlreiche Gewerbebetriebe die gute Verkehrslage und zum Teil die Wasserkraft der Suhre nutzen wollten. Mit dem Bevölkerungszuwachs folgte im Anschluss die Bauwelle zurück an die Hänge. Die Gemeinde Muhen ist durch die rege Bautätigkeit zu einer geschlossenen Siedlung zusammengewachsen, hat aber mit einer Einwohnerzahl von rund 3'919 Personen (Stand 29.02.2020) den dörflichen Charakter bewahrt.
Muhen kann nicht mit vielen alten Kunstwerken aufwarten – doch eines ist geblieben: Das berühmte Aargauer Strohdachhaus – ein kunstvoll gezimmertes, mit Stroh bedecktes Hochstudhaus aus fernen Zeiten – ein Haus, das unter seinem riesigen, warmen Walmdach die Leute und ihre Haustiere, Hab und Gut und vor allem des Bauers grösster Reichtum, den Ertrag seiner Getreidefelder, verbarg. Das gut erhaltene Strohdachhaus ist heute als Museum zu bewundern.